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Manuel Franco estudió Medicina en Madrid y en Berlín. Realizó su doctorado en Baltimore en la Escuela Bloomberg de Salud Publica de la Universidad de Johns Hopkins (EEUU). Recibió las becas Erasmus, Ramón y Cajal y Marie Curie. Actualmente es Profesor de Salud Pública en las Universidades de Alcalá y Johns Hopkins.
Su área de investigación es el estudio de las ciudades (características del entorno urbano) y la enfermedad para desarrollar estrategias preventivas para disminuir las enfermedades crónicas en las ciudades y sus desigualdades.
En 2013 recibió financiación del European Research Council, por primera vez en España en el área de la Salud Pública, para desarrollar el Proyecto Heart Healthy Hoods. Manuel Franco coordina un grupo de investigación interdisciplinar integrando la epidemiología, la sociología, la geografía, el diseño urbano, la biología y la medicina clínica, con el objetivo de entender cuál es el efecto de los barrios sobre la salud cardiovascular y sus principales factores de riesgo (tabaquismo, dieta, actividad física y consumo de alcohol).
Manuel Franco coordinó también el proyecto de ciencia ciudadana PHOTOVOICE Villaverde dónde los residentes desarrollaron de forma participativa propuestas sobre cómo mejorar su entorno alimentario. Los resultados se han compartido con políticos del Ayuntamiento de Madrid y del Parlamento y Comisión Europea.
Manuel Franco tiene especial interés por la transferencia del conocimiento y para ello gran parte de su esfuerzo lo dedica a la divulgación. Cuenta con intervenciones en más de cien medios de comunicación nacionales e internacionales incluyendo prensa escrita, radio y TV.